調査はキャンプ・シュワブ沿岸部と周辺海域が対象。防衛省は、サンゴの成長過程を観察するには、産卵期の６月以前の着手が必要としている。約１年間かけ、サンゴや藻などの生態系、水質、大気などの影響を調べる。業者選定の入札は今月２８日に行う。
環境影響評価法による正式な環境アセスメントは、事業主体（政府）が県に具体的な調査内容を記した方法書を提示し、約１カ月半の意見聴取を経て着手、通常３年ほどかかる。政府は当初、正式なアセスを検討していたが、名護市が１月、政府の代替施設計画の修正案を示して政府と対立。県は、政府のアセス方法書を受け取れば政府案を容認したと受け取られかねないとして手続きに難色を示していた。
このため、防衛省は事前調査の形で科学的調査を先行させ、得たデータを後に正式なアセスに取り込みたい考えだ。正式なアセス手続きについては、参院沖縄補選後に県と交渉を始める方針。