調査は過疎地域自立促進特別措置法に基づいて、過疎地域とされている全国７７５市町村を対象に、両省が昨年４月末に実施した。「集落」の定義は数戸以上の住居のまとまりで、町内会などの単位となる地域。消滅の可能性の判断は各市町村にまかせた。
同様の調査は９９年にも実施されており、その時は、消滅の可能性がある集落は２１０９だった。また、前回調査時点から今までに実際に消滅した集落は、当時、消滅の可能性が指摘されていなかった集落も含めて１９１。消滅理由としては、住民の転居や死去などによる「自然消滅」が５７％で最も多く、「公共工事による集団移転」が２０％で続いた。
調査結果は、全国総合開発計画（全総）の後継計画として、国交省が今年中ごろにまとめる国土形成計画（全国計画）に生かす。