フェンタニルのアンプル（２ｃｃ）を入れた金庫は麻酔科の部屋に置いてある。その日最初にアンプルを持ち出す同科の医師はカギと暗証番号で開けて手術室に運ぶが、その後はカギはかけず暗証番号のみでロックした状態にしている。
盗難が判明した１月２９日は午後２時ごろ、麻酔科の医師と薬剤師の２人が、定例の金庫内点検と補充作業を行ったが、箱（１箱１０本入り）ごと未使用だったアンプルの数は確認しておらず、午後３時３０分ごろに、別の麻酔科の医師が金庫を開けた際に３箱がなくなっているのに気付いたという。
管理態勢に関しては、麻酔科と同じ３階フロアにある手術室の非常口を撮影していた防犯カメラの記録装置が故障していたこともわかった。
金庫の暗証番号は麻酔科の医師１３人以外には知らされていないが、同センターの瀬上（せがみ）清貴・運営局長は「（第三者が）伝え聞いた可能性は否定できない」と述べた。
また、小児科医が患者延べ１１００人分の氏名、手術内容などの個人情報を無許可で入力した私物パソコンを昨年１２月２２日に紛失してから、２日に公表するまで４０日以上かかったことについて、瀬上局長は「データの内容を確認するのに時間がかかったため」と釈明。パソコンは小児科医の研究用でインターネットには接続できず、パスワードを入力しなければデータを見られないため、情報の流出は確認されていないという。