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電子申請システムは０２年度から約２０億円かけて開発し、０３年度末に稼働。埼玉、宮城、和歌山、岡山、福岡など１２県が導入し、国は０６年度の運営経費８億６２００万円を予算計上している。
財務省が予算の無駄を毎年チェックする「予算執行調査」で、これまでの累計では、電子申請１件の経費が約１６００万円（通常の発給は３０００〜４０００円）もかかっていることがわかり、「廃止を含め見直しが必要」と外務省に指摘した。
電子申請には、通常の手数料に加え、住民基本台帳カード（５００円）、公的な個人認証（５００円）、ＩＣカードの読み取り機（約３０００円）や各種ソフトのダウンロードが必要。５年か１０年に１度の手続きなのに、手順が煩雑なことが敬遠される理由とみられる。人口の１％にも達していない住基カードの普及率の低さも背景にある。利用者側の視点を欠いたまま、巨額の開発費や運営費を投じた見通しの甘さが問われそうだ。
外務省は、住基カードの普及率が高まるなど状況が変われば、再開も検討するとしている。