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所管省庁の設立許可制の公益法人、同窓会や業界団体など登記だけで法人格を得られる中間法人の制度は廃止される。これに代わって、登記だけで法人格を得られる「一般社団法人」「一般財団法人」制度を新設する。有識者でつくる公益認定等委員会が「公益性がある」と判断すれば、「公益社団法人」「公益財団法人」として税制優遇を受けられるようになる。
新制度の「公益社団」「公益財団」は所管官庁の縛りが外れるため、活動分野や組織の再編など自由度が増す。ただ、07年11月までに立ち上げる認定委員会の委員や事務局の人選によっては縛りが残る可能性もある。決定が先送りされた税制では、法人税課税や寄付金控除がどうなるかが課題だ。